Лаборатория «Математическая биология и биоинформатика» привлекает к исследованиям студентов направления «Прикладная математика и информатика»

Лаборатория «Математическая биология и биоинформатика» Санкт-Петербургского политехнического университета Петра Великого ‒ динамичный, мотивированный научный коллектив мирового уровня, работающий на переднем крае науки и активно сотрудничающий с исследовательскими центрами в России и за рубежом. Спектр научных интересов лаборатории лежит в широком диапазоне от математического моделирования процессов развития организмов до функциональной геномики и статистической генетики.

Причем здесь прикладная математика, спросите вы?

Успешно и творчески развивать современную вычислительную биологию и биоинформатику, а так же науку о данных в биологии и прецизионной медицине невозможно без отличного знания и умения творчески использовать методы прикладной математики, машинного обучения, теории алгоритмов и статистики. Не забудем также и об excellent programming skills, без которых в биоинформатике делать нечего.

Иначе говоря, абсолютно необходим междисциплинарный подход, лежащий в основе подготовки специалистов в рамках программ бакалавриата и магистратуры направления «Прикладная математика и информатика» ИПММ.

Не случайно лаборатория входит в структуру нашего института.

Ярким недавним примером успешности подобного подхода в решении задач агрогенoмики, получившим широкий резонанс в России и за рубежом, стала работа по расшифровке генoма гриба Fusarium oxysporum f.sp. lini, атакующего лен ‒ главную текстильную и одну из важнейших масличных культур России. Он родственен грибу, вызывающему «панамскую болезнь» у бананов, которая за последние 70 лет полностью уничтожила несколько сортов растений. Впервые в мире удалось собрать геном этого паразита в отдельные хромосомы, что было нетривиальной алгоритмической задачей!

По словам профессора СПбГУ, выпускницы Физ-Меха (ИПММ) по направлению «Прикладная математика и информатика» Анастасии Самсоновой, имеющей степень PhD University of Cambridge, критически важно найти генетическую причину того, почему одному грибу рода Fusarium больше «нравится» атаковать бананы, другому ‒ помидоры, a третьему ‒ лен. Это позволит понять, как паразит адаптируется к конкретному хозяину, и найти гены, которые отвечают за такие приспособленческие механизмы. Если это удастся, то с помощью технологий редактирования генома можно будет создать новый сорт льна, устойчивый к инфекции, вызываемой этим грибом.

Хотите узнать подробности? Вам ‒ сюда:

• https://www.rtr.spb.ru/vesti_spb/news_detail_v.asp?id=41803

• https://indicator.ru/agriculture/rasshifrovan-genom-atakuyushego-len-parazita-21-07-2020.htm

• https://rscf.ru/news/agriculture/rasshifrovali-genom-griba/

• https://nauka.tass.ru/nauka/9005977

Хотите участвовать в исследованиях этого направления – поступайте в ИПММ на направление «Прикладная математика и информатика» профиль подготовки бакалавров  «Биоинформатика»  и на магистерскую программу «Математическое моделирование в науке и индустрии», одной из реализаций которой является траектория, связанная с применением методов математической и системной биологии и биоинформатики.